Zudem wurde auf dem Alten Johannisfriedhof hinter dem Museum das letzte originale Gitter der Pomselschen Gruft nach seiner Restaurierung wieder aufgestellt und enthüllt. Die Gruft wurde im 20. Jahrhundert zerstört. Das Eisengitter ist das einzige originale Überbleibsel aus dem Baujahr 1746 und wurde für 19.000 Euro restauriert. Gestaltet hat das Erinnerungsprojekt der Leipziger Künstler Heinz-Jürgen Böhme. Die Arbeiten hatten 2015 begonnen.
In der im 14. Jahrhundert erbauten Johanniskirche wurden den Angaben zufolge bereits 1522/23 erste von Reformator Martin Luther (1483-1546) inspirierte Predigten gehalten. Offiziell wurde die Reformation in Leipzig indes erst nach dem Tod von Herzog Georg 1539 eingeführt. Im Schmalkaldischen Krieg 1546/47 wurde die Johanniskirche zerstört und später im neugotischen Stil wieder aufgebaut.
Bombenangriffe im Zweiten Weltkrieg beschädigten die Johanniskirche schwer. 1949 wurde sie gesprengt und abgetragen - bis auf den unversehrt gebliebenen Turm. Auf Druck des SED-Regimes in der DDR wurde am 9. Mai 1963 auch dieser gesprengt.