Geplant sind in dem Gebäude unter anderem Fortbildungen für Ehrenamtliche sowie Beratungen und Deutschkurse für Flüchtlinge. Auch seelsorgerliche Betreuung für Flüchtlinge und Mitarbeitende ist angedacht. Das Team der Flüchtlingskirche werde "Ansprechpartner für alle sein, die sich haupt- und ehrenamtlich für Flüchtlinge einsetzen", hieß es. Unterkünfte soll es in der Flüchtlingskirche dagegen nicht geben.
Träger der Flüchtlingskirche sind neben dem Evangelischen Kirchenkreis Berlin-Stadtmitte das Diakonische Werk Berlin Stadtmitte und das Berliner Missionswerk. Die Flüchtlingskirche ist Teil des Gesamtkonzepts für die Flüchtlingsarbeit der Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz. Dafür hatte die Synode im vergangenen Herbst 500.000 Euro zur Verfügung gestellt.
